Σκοπός του Ναυτικού Ομίλου Σαντορίνης είναι:
- Η προαγωγή και η διάδοση θαλασσίων και ναυτικών αθλημάτων, προκειμένου να αναπτύξει ο σύγχρονος άνθρωπος αισθήματα αγάπης για τη Θάλασσα και τις Ναυτικές Παραδόσεις της χώρας.
- Η προαγωγή, διεκδίκηση και διασφάλιση των ναυταθλητικών, κοινωνικών και οικονομικών ενδιαφερόντων των μελών του και των συμφερόντων αυτών.
- Η καλλιέργεια και ανάπτυξη αθλημάτων που σχετίζονται με την θάλασσα
- Η δημιουργία και ανάπτυξη κοινωνικών, αθλητικών και λοιπών σχέσεων μεταξύ των μελών του.
- Η περαιτέρω καλλιέργεια του πολιτιστικού επιπέδου των μελών του.
- Η συνεργασία με παρεμφερή σωματεία της ίδιας ή άλλων περιοχών.
- Η επιμόρφωση των μελών του και του ευρύτερου κοινωνικού συνόλου σε ότι έχει να κάνει με την θάλασσα (για παράδειγμα: την κολύμβηση, την ναυαγοσωστική, την ναυσιπλοΐα, την παροχή Πρώτων Βοηθειών, κ.α).